由于航空运输服务涉及的部门与环节众多，简单的某一部门或局部的治理措施并不能达到最终的效果，也难以达到系统治理的目的。从我国航空运输服务发展的现状与航班延误治理的实践来看，现阶段，要达到航班延误的系统性治理，需要理清以下几个问题：
一、行业运行安全与质量监管的关系问题
运行安全，无疑是民航发展与管理的重中之重。无论是在行业管理部门，还是在具体的企业服务一线部门，安全永远是第一位的。然而，从安全管理的核心理念来看，其基础还在于质量管理，质量文化是民航安全管理体系的核心。因此，行业管理的重要任务是运行质量监管。只有保证行业运行的高质量，才可能保证行业运行的高安全。这就意味着，无论是行业管理部门，还是具体的服务企业，都需要建立以安全为基础的运行质量标准与监管体系。只不过，对于行业管理部门而言，其工作的重点是运行质量监管，对于具体的服务企业，则是运行质量的保证。
若从可能引起航班延误的原因来看，航班商业合并、地面保障问题、空中交通服务问题、航空器机械故障，以及机组安排等非不可抗力因素，表面上看是服务质量的问题，实质上却是运行安全的问题。因为其中除航班商业合并之外的任何一个影响因素，都可能带来致命的安全事故。即便是航班商业合并，也可能影响到正常的运行秩序，并最终影响到系统运行的安全。因此，运行质量监管应该延伸到航空承运人资质认证与审核、航空公司运行资源的跟踪与预警、地面服务企业资质认证与审计、空中交通服务能力评估与审核等更为广阔的内容，通过强化运行质量的监管来保证运行安全政策、措施的实施与有效执行。尤其是关于企业资源与发展速度的匹配性问题，简单地看是运行质量的问题，本质却是运行安全问题，理应加大对其监督与管理的力度。
二、空中交通服务机制改革的问题
航班延误问题，在很大程度上与空中交通服务机制有关。我国目前的空中交通服务是由民航局下属空中交通管理局来提供的，虽然近年来我国也在空中交通服务机制方面进行了大量的改革，但与快速发展的行业形势相比，仍然存在一定的差距。且不说全国160多个机场中还有部分机场的空中交通服务并未移交到空管局，实现服务与管理的一体化，仅说说空管局自身的定位，作为航空运输服务系统的重要组成部分，其究竟是企业单位，还是行政管理单位，或是事业单位，仍然处于争论中。至于是否能够在其内部建立与行业发展速度相匹配的服务激励机制，则离市场化机制相去甚远，这在很大程度上影响着空中交通服务资源的利用效率与实际服务效率。
从目前世界空中交通服务机制来看，商业化有着明显的优势，如空中交通服务成本降低、相应由空中交通服务引起的事故征候率下降、容量评估与流量管理更为科学与客观等。而且，更为重要的是，通过空中交通服务的商业化，能够直接构建起空中交通服务需求与供应之间的市场与客户关系，从而能够有效地协调空中交通服务部门与各种用户的关系，有利于确保航空运输运行安全监督与质量管理信息的客观性与科学性，尤其是对类似航班延误影响因素中的非主观原因的确认。
三、航空公司与机场间的关系问题
航班延误时的核心矛盾，并非在于航班延误本身，而是延误后的服务问题。从目前的行业服务实践来看，航班延误时的服务不到位，更多的是航空公司与机场之间关系不清造成的。要理清这二者之间的关系，关键是要明晰机场这一概念的内涵：(1)是航空运输服务的节点与场所(或区域);(2)是前一内涵的管理机构(机场管理机构);(3)是地面服务的代理方。
对于第一种内涵(场所或区域)，在2009年7月1日正式实施的《机场管理条例》中，为其作为公共基础设施的定位提供了法律认可与保障。航空公司是否可以拥有“机场”的使用权或经营权，或许可以重新讨论，尤其是对于那些市场明显欠发展的支线机场，如果能够由地方政府或是某级拥有机场所有权的政府部门，通过托管或其它经营权转让的方式，交由航空公司运营，并在政策上给予一定市场保护，或许可能成为解决机场发展问题与提升运营质量的“两全其美”的手段，在发生类似航班延误等服务问题时，也就不可能产生所谓的责任推诿的现象了。
对于第二种内涵，机场管理机构，则是目前机场管理模式变革争论的焦点。在一些市场发展较好、运营压力较小的机场，机场管理机构理应构建一个公平竞争的航空运输服务环境。因此，这种内涵的机场管理当局，应该退出直接经营的相关业务，尤其是航空运输地面代理业务，加强安全与服务质量监管职能，大力推进专营权或特许经营权等转让手段，从而有效消减类似航班延误等服务矛盾中的航空公司与机场服务代理之间的争议与责任推诿现象的发生频率，有效落实国际民航组织所倡导的最佳商业法则与服务水平协议。
至于第三种内涵，机场服务代理方，由于其传统的拥有机场所有权或缺乏监管的经营权而带来的自然垄断特征，使得其与航空公司之间的“市场化”委托代理机制名存实亡。因此，这种内涵必须建立在第二种内涵健全的基础上，建立在具有严格经营权转让与安全质量监管的基础上。
四、机场治安管理机制改革的问题
航班延误，尤其是大面积航班延误时，候机楼，乃至整个机场区域的治安管理压力明显加大，而且也有可能由此引起航空运输服务的不安全事件。从目前的机场治安管理机制看，机场区域的治安管理责任大都归于机场公安局。但在实际运行过程中，候机楼内的治安管理却有可能出现“责任的真空”，这在很大程度上造成了服务现场治安管理的困难，尤其是类似航班延误等非正常服务中出现部分旅客冲击隔离区、飞行区、侵占航空器，或是打砸公共服务设施、甚至是员工的问题时，机场治安管理被指责为“有法不依”、“有法难依”、或是“不作为”等现象时有发生。因此，就这一点而言，机场治安管理机制有待进一步的完善。
这其中，关键的是两个问题：一是机场公安管理的归属问题，即其究竟是属于行业管理，还是专业管理;二是机场治安管理的法律保障问题，应该积极推动地方立法，从机场运营管理的特殊性进一步明确机场区域治安管理的责任与范围，从而保证现场治安管理的及时性与震慑性。
五、民航消费文化的培育问题
这大概是目前我国处于社会转型期最难以解决的问题。从目前我国民航服务的实践看，消费文化的不成熟是导致服务中矛盾冲突的重要因素。因此，在航班延误治理中，我们在加强行业系统内部治理的同时，还需要加强外部消费文化的培育。
首先，应该从行业管理部门的市场监管与法规宣传的角度出发，加强对关于航空运输服务的法律、规章与制度，甚至是行业标准进行清理与维护，并在充实实践调研的基础上，进一步增加、修订相关行业监管的法规体系。同时，还应该强调法规落实与执行的有效性，以及强化对消费者行为、习惯与经济等影响较大、或影响面较宽的法规制度，甚至是行业标准产生或修订时的宣传。更为重要的是，这种宣传，还应该考虑在对各种传播媒体的控制与影响层面，建立相关新闻发言人的机制，及时、主动地与新闻传媒沟通、解释，以期达到对消费者宣传与教育的目的。
其次，应该从服务企业的产品设计与宣传角度出发，准确区分市场与客户群体，细分产品与服务，准确把握产品或服务宣传渠道，做到“有的放矢”，而不是铺天盖地的“尊贵”、“豪华”的产品或服务宣传。毕竟，今天的航空运输服务，已从当初的“权贵消费”时代发展到“大众消费”时代，成为一种普遍服务的产品。因此，从企业服务的角度，最重要的是对客户服务承诺的区分与服务标准的透明化。
最后，应该在整个行业系统建立一种开放的文化，主动融于社会，逐渐消除行业的“神秘感”。尤其是对行业中特殊人力资源，如飞行员、乘务人员的定位与认识，更应该让社会认识到他们的“平凡性”，甚至是“辛苦的一面”。
当然，航班延误治理的系统性，决定了其治理的复杂性，并非仅理清上述几个问题就可以解决。但从我国民航发展的实践与现实来看，这几个问题却是关键的问题，是能够在较大程度上解决类似航班延误等非正常服务中矛盾尖锐化的问题，也是我们持续提升行业运行安全水平与服务品质的基础。
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