2006年12月31日晚11时22分，成都——广州的CZ3484航班平稳降落在广州白云国际机场，至此，南航股份广州飞行部圆满实现2006安全年。据统计，2006年南航广州飞行部共执行航班7.5万多架次，同比增长2.7%；安全运输飞行18.3万小时，同比增长2.2%；飞行里程1.23亿公里，同比增长4.2%；运送旅客872.7万人次、货邮27.9万吨；总周转量25.1亿吨公里。飞行运行中，正确处置不正常情况415起，其中11起受到公司的表扬和奖励，31起受到飞行部奖励。
2006年，南航广州飞行部先后引进空客A319、A320两种机型共11架新飞机，飞机总数达到54架。新飞机的引进、新航线的开辟、高原机场运行、飞机故障频发给运行安全增加了难度。面对机遇和挑战，南航广州飞行部找准自身定位，始终把抓安全作为各项工作的重中之重，结合自身实际情况，紧抓以下几方面工作：一是初步建立了闭环管理制度，制定了安全整改事项管理流程。通过定期召开沟通、协调会的形式，重点对运行安全技术方面存在的问题进行分析，对整改事项的落实情况进行跟踪监督，同时提出针对性的改进措施；二是严格安全管理，实行奖惩并举。年初，南航广州飞行部与六个责任单位签订了2006年《航空安全责任书》，使各项安全责任得到落实；对保证安全的典型事件，按照奖励标准，及时给予奖励；对发生人为原因不安全事件的责任人和单位，严格按照“四不放过”原则一查到底；三是强化安全教育，增强安全意识。坚持每月安全教育制度，及时将有关安全信息传达到每位飞行员，确保安全教育的实效性；全年共组织了21场次的以观看《国外民航飞行事故典型案例》录像为重点内容的安全警示教育，切实做好员工的针对性安全教育；四是加强安全检查，查改安全隐患。相关职能部门不断加强对安全运行的检查和监督，全年共组织21次安全运行检查，对存在问题的单位和个人，责令其限期整改；不定期组织以“四查”（即一查干部管理责任落实，二查单位安全教育实施，三查员工规章手册学习，四查机组执勤行为规范）为重点的日常监督检查，不断提高对日常工作的持续监查力度；五是狠抓信息管理，确保传递实效。南航广州飞行部始终坚持运行情况报告、《安全日报》、《运行日报》、《安全月报》等制度，确保安全运行信息传递的及时、准确；从加强组织领导、细化工作措施、持续监督检查等方面完善对飞行员网上准备工作的管理；在原有基础上，制定了新的机组运行信息管理规定，及时、全面掌握飞行员的思想、技术状况和航务动态、航班信息等；六是严格空防管理，落实制度措施。南航广州飞行部坚持把飞行、空防、地面安全三方面一起抓，开展经常性的空防安全教育，不断强化员工的空防意识、更新空防观念；定期组织空防安全检查，重点是航前机组空防协作会实施情况和对反恐、反劫机、防炸机预案的掌握情况等方面。按照南航领导提出的多出机长、出合格机长的要求，严格标准，科学规化，合理安排人员和时间，进一步细化训练和技术管理。
此外，南航广州飞行部把加强业务理论培训，提高机长综合能力培训作为工作的重点，全年共组织机型改装训练及复训、换季学习、危险品运输、英语带飞资格等多项培训。特别是CRM培训、航空安全论坛、首聘机长答辩制已逐步在整个南航股份公司范围内推广，为兄弟单位提供了经验借鉴。
